Брюне родился в 1940 году в Манье (департамент Вьенна). Проведя свои первые годы в сельской местности, в 8 лет он вместе с семьей переехал в Версаль. Получил степень доктора философии в области палеонтологии в Сорбонне, а потом стал профессором палеонтологии позвоночных в университете Пуатье, со специализцией на копытных.Начало карьерыПоворотный момент в карьере Брюне произошел тогда, когда он услышал, что палеоантрополог Дэвид Пилбим ищет ископаемых обезьян в Пакистане, предков гоминид.
Это стимулировало Брюне сформировать со своим коллегой Эмилем Хайнцом команду с целью поиска вымерших обезьян на границе Пакистана с Афганистаном. Экспедиция была неудачной, никаких ископаемых обезьян не было найдено.
В 1980-х годах Брюне и Пилбим отправляются в Африку. Их главная идея была в том, чтобы проверить предположение Ива Коппенса, который утверждал, что гоминиды впервые появились в саваннах Восточной Африки. Главная идея двух палеонтологов заключалась в том, что берега озера Чад были особенно привлекательными и притягивали как магнит млекопитающих, в том числе, возможно, и гоминид.
В 1984 году поиски началась в Камеруне, но девять проведенных там полевых сезонов завершились без каких-либо найденных гоминид.