Яков Александрович Авенариус родился в Санкт-Петербургской губернии 6 апреля 1788 года в семье пастора. Окончив курс в Дерптском университете в 1809 году, он в том же году защитил диссертацию «De varietate coloris ossium» и удостоен степени доктора медицины. Авенариус служил в русской армии и участвовал в походах 1813 и 1814 годов. Был врачом цесаревича Константина Павловича, а впоследствии главным врачом Почтового ведомства.