Довоенная жизньРодился в селении Аллерой[уточнить] (Чечено-Ингушская АССР). После окончания средней школы работал в строительных организациях. Заочно окончил Быковский совхоз-техникум, позже — исторический факультет Чеченского государственного университета. Имел дипломы юриста и историка.
В 1990—1992 гг. занимался бизнесом, руководил малым предприятием.
В 1992 году участвовал в вооружённом конфликте в Абхазии в составе формирований Конфедерации горских народов Кавказа, воевал под командованием Шамиля Басаева.
В 1992—1994 гг. работал в органах МВД ЧРИ, к 1994 году являлся старшиной 21-й роты ГАИ г. Грозный.Участие в первой войнеС декабря 1994 года принимал участие в боевых действиях против российских войск. Во время Первой чеченской войны был командиром Новогрозненского полка, действовавшего преимущественно в восточных районах Чечни. Участвовал в обороне г. Грозный, боях за Аргун, Гудермес, Аллерой и другие населённые пункты. Командовал различными боевыми соединениями, некоторое время был командующим фронтом.9 января 1996 года вместе с Салманом Радуевым и Хункар-Пашой Исрапиловым возглавил рейд объединённых отрядов боевиков на г. Кизляр (Дагестан). 18 января руководил прорывом отрядов боевиков из с. Первомайское.
В заложники было захвачено более 3000 человек, из них погибли более 40. После этой террористической акции против Атгериева было возбуждено уголовное дело по ст. 77 («бандитизм» ), ст. 126 («захват заложников» ) и ст. 213-3 («терроризм» ) УК РФ, и он был объявлен в федеральный розыск.C 1996 года являлся начальником Особого отдела вооружённых сил ЧРИ.
В ходе военных действий был дважды ранен, награждён орденами «Герой Нации» (чеч. «Къоман Турпал» ) и «Богатырь Нации» . По окончании войны получил звание бригадного генерала.Карьера в ЧРИВ январе 1997 года руководил избирательным штабом кандидата в президенты Аслана Масхадова. После победы Масхадова на выборах в феврале 1997 года стал членом Высшего президентского совета, курировал вопросы науки и образования. 31 мая 1997 года баллотировался на пост мэра г. Грозный (при фактической поддержке Масхадова) против Лечи Дудаева (племянника покойного Джохара Дудаева). По неофициальным данным, получил большинство голосов (44 %), но выборы были признаны недействительными (фактически сорваны сторонниками Л. Дудаева).
В августе 1997 года организовал и возглавил промасхадовское движение «Чеченское исламское государство» .
В январе 1998 года назначен первым вице-премьером, курировал силовой блок правительства ЧРИ.
В 1999 году назначен министром государственной безопасности ЧРИ. Сайт grani.ru в 2002 году утверждал, что в мае 1999 года Атгериев лично звонил директору ФСБ Владимиру Путину и официально, в качестве министра госбезопасности, предупреждал его о готовящемся вторжении боевиков на территорию Дагестана .
В июне 1999 года посетил с частным визитом Москву с целью сбора средств с коммерческих структур для помощи боевикам.Розыск, суд, смерть16 июля 1999 года был задержан в аэропорту «Внуково» сотрудниками Главного управления по борьбе с организованной преступностью МВД РФ. При задержании у него изъяли пистолет «Беретта» . После ноты протеста из ЧРИ 18 июля 1999 года был отпущен по указанию премьер-министра Сергея Степашина, «в связи с изменением ему меры пресечения» . После начала Второй чеченской войны Генеральная прокуратура России повторно рассмотрела материалы уголовного дела Атгериева и в марте 2000 года вынесла постановление об объявлении его в федеральный розыск. 28 октября 2000 года арестован в Махачкале сотрудниками ФСБ.
С этого момента содержался в СИЗО «Лефортово» .
В декабре 2001 года Верховный суд Дагестана приговорил Атгериева к 15 годам лишения свободы в колонии строгого режима за участие в террористическом нападении на Кизляр. Отбывать наказание был отправлен в исправительную колонию № 2 г Екатеринбург. Сразу после этапа, 20 июня 2002 года был госпитализирован в тяжелом состоянии с подозрением на лейкемию, вызванную раком почек. Умер 18 августа . Официальная причина смерти — лейкоз и кровоизлияние в почки.