Донья Амалия Филиппина была одиннадцатой и последней дочерью инфанта Франциско де Паула де Бурбона и его первой жены Луизы Карлоты. Поскольку её родители были близкими родственниками, то она, как и её братья и сестры, приходилась королю Карлу IV и его жене Марии-Луизе Пармской одновременно внучкой и правнучкой.Амалия Филиппина родилась в Мадриде во время регентства своей тётки королевы Марии Кристины. Её сестры Изабелла Фернанда, Луиза Тереза и Хосефина Фернанда были очень известны в своё время, благодаря своим любовным историям и скандальным бракам. Её старший брат, Франсиско де Асис женился на их царственной кузине Изабелле, а другой брат, Энрике, был знаменитым масоном и либералом. Сестра Амалии Филиппины Мария Кристина была замужем за инфантом Себастьяном Габриелем де Бурбон и Браганса.25 августа 1856 года, в день Святого Людовика, небесного покровителя Франции и Баварии, донья Амалия Филиппина вышла замуж за немецкого принца Адальберта Баварского. Их брак стал первым из трех браков между представителями королевских семей Испании и Баварии.У пары было пять детей: Людвиг Фердинанд (1859—1949), в браке с Марией де ла Пас Испанской;Альфонсо (1862—1933), в браке с Луизой Орлеанской;Мария Изабелла (1863—1924), супруга Томмазо Савойского-Генуэзского;Эльвира Алехандра (1868—1943);Клара Эухения (1874—1941), умерла незамужней.Донья Амалия Филиппина овдовела в 1875 году и не пожелала больше выходить замуж. Сама она скончалась в 1905 году в Мюнхене.