Филипп родился 17 августа 1956 года в Париже в семье Габи[en] (1921—2014) и Раймонда Агьона (1921—2009).Агьон учился в 1976—1980 годах в математическом классе Высшей нормальной школы Кашана[en].
В 1981 году закончил Университет Париж 1 Пантеон-Сорбонна, получив диплом мастера перспективных исследований[en] по математической экономике, а в 1983 году удостоен докторской степени по математической экономике в Сорбонне.А в 1987 году защитил докторскую степень по экономике в Гарвардском университете.Преподавательскую деятельность начал в 1987—1989 годах в должности ассистента профессора Массачусетского технологического института. Был сотрудником Наффилда-колледжа[en] при Оксфордском университете в 1992—1996 годах.
В 1996—2002 годах полный профессор экономики Университетского колледжа Лондона.
В 2000—2002 годах профессор экономики, а с 2002 года профессор экономики кафедры имени Роберта Ваггонера в Гарвардском университете.
С 2009 года является также приглашенным профессором Института международных экономических исследований[en] при Стокгольмском университете.Был заместителем главного экономиста ЕБРР в 1990—1991 годах, координатор исследований ЕБРР в 1992—2000 годах. Был помощником редактором журнала The Review of Economic Studies[en] в 1991—1997 годах, помощником редактора Econometrica в 1992—1995 годах, членом совета Европейской экономической ассоциации[en] в 1995—2000 годах, программным директором Центра исследований экономической политики[en] в 1998—2006 годах.Является научным сотрудником Национального центра научных исследований с 1989 года, управляющим редактором журнала Economics of Transition[en] с 1992 года, членом Эконометрического общества с 1994 года, редактором Review of Economics and Statistics[en] с 2008 года, член Американской академии искусств и наук с 2009 года, член исполнительного и наблюдательного комитета Cerge-ei с 1991 года, член Центра исследований экономической политики[en] и European Financial Network с 1991 года.СемьяФилипп Агьон женат и имеет двух детей.