Родился в селе Дымино-Михайловка Маловисковского района Кировоградской области.
В 1962 году окончил Харьковский юридический институт.
В 1976 году окончил первый факультет Академии МВД СССР.
В 1970—1976 годы учился в заочной адъюнктуре Академии МВД СССР.
В 1977 году под руководством профессора В. А. Лукашова защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата юридических наук по теме «Организация комплексных мер борьбы с рецидивной преступностью (по материалам милиции и исправительно-трудовых учреждений МВД СССР)» .
С 1954 по 1974 годы служил в органах внутренних дел на должностях оперативно-начальствующего состава, в том числе начальника городского УВД, начальника областного УВД, первого заместителя начальника управления МВД СССР.
В 1974—2000 годы — заместитель начальника Московского института МВД СССР по научной работе.
С 2000 года — профессор кафедры оперативно-розыскной деятельности Московского университета МВД России.
В 2002 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктор юридических наук по теме «Правовые и организационные основы оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел по борьбе с организованной преступностью» .Автор более 67 научных работ, в том числе 3 курса лекций, 3 учебника, 3 монографии, 6 учебных пособий. Областью научных исследований Н. П. Водько являются вопросы теории оперативно-розыскной деятельности, теории управления, криминологии и уголовного процесса. Наиболее значительный вклад им был внесён в развитие правовых и организационно-тактических основ оперативно-розыскной деятельности, а также в исследование проблем организации и тактики борьбы ОВД с организованной преступностью.Н. П. Водько обосновал понимание оперативно-розыскной деятельности по борьбе с организованной преступностью как частной теории ОРД ОВД. Им впервые было проведено научное изучение нового законодательства России о борьбе с организованной преступностью, а также криминологическое исследование преступных формирований и пробедена разработка их классификацию. Итоги исследования структурно-функциональных граней деятельности подразделений по борьбе с организованной преступностью были положены в основу реализации норм ряд нормативных актов МВД России и организационных решений предложений, совершенствующих борьбу с российской организованной преступностью.