Елена Георгиевна Боннэр родилась 15 февраля 1923 года в городе Мары Туркестанской АССР. Отец – Алиханян Геворк – был расстрелян в 1938 году, мать – Руфь Боннэр – была приговорена к восьми годам ссылки.После ареста родителей Елена окончила в 1940 году школу в Ленинграде и стала учиться в педагогическом институте на факультете русского языка и литературы. Во время Великой Отечественной войны ушла добровольно в Красную Армию медсестрой, была контужена (в 1971 году признана инвалидом Великой Отечественной войны).
В 1953 году Боннэр окончила Первый Ленинградский медицинский институт и работала участковым врачом и врачом-педиатром. Кроме того, она начала свою публицистическую деятельность - печаталась в журналах «Нева» , «Юность» , в «Литературной газете» , в газете «Медицинский работник» , участвовала в сборнике «Актеры, погибшие на фронтах Отечественной войны» , была одним из составителей книги «Всеволод Багрицкий, дневники, письма, стихи» (1964), писала для программы «Юность» всесоюзного радио, сотрудничала, как внештатный литконсультант в литературной консультации Союза писателей, была редактором в ленинградском отделении Медгиза.
В 1965 году Елена стала членом КПСС, но в 1972 году вышла из партии по политическим убеждениям.
В этом же году состоялось бракосочетание Елены Боннэр и академика Андрея Дмитриевича Сахарова.
Она во всех делах и проектах поддерживала мужа и помогала ему, вместе с ним находилась в ссылке в городе Горький с 1980 года.После возвращения в Москву в 1987 году Боннэр и Сахаров участвуют в формировании обществ «Мемориал» и «Московская трибуна» . Елена Георгиевна являлась членом комиссии по правам человека при президенте Борисе Николевиче Ельцине, но 28 декабря 1994 года ушла с этого поста, так как не хотела работать с руководством страны, которое развязало войну в Чечне.Елена Боннэр — почетный доктор права многих университетов мира, лауреат премии памяти Торолфа Рафто, обладательница наград России и других стран.Последние годы Елена Боннэр тяжело болела, жила в США.
Она скончалась 18 июня 2011 года в Бостоне (США) на 89-м году жизни.