Николай Александрович Благовещенский родился 1 мая (19 апреля) 1837 года в Москве в семье священника. Окончил Александро-Невское духовное училище и Петербургскую духовную семинарию, где был младшим товарищем Н. Г. Помяловского. После смерти Помяловского занимался сохранением его наследия, оставил о нем биографический очерк, публикуемый в большинстве собраний сочинений.После окончания семинарии Благовещенский был прикомандирован к архимандриту Порфирию, известному археологу и востоковеду, и отправился с ним на Афон и в Иерусалим, где пробыл почти два года (1858—1859), запечатлевая опыт путешественника в путевых заметках и рисунках. Первыми напечатанными произведениями Благовещенского стали рассказы, написанные по следам этого путешествия («Из воспоминаний бывалого в Иерусалиме» , «В Фессалии» , «Ноябрь» ). По возвращении в Россию он с 1862 года сотрудничает в журнале братьев Достоевских «Время» .Получил известность благодаря книгам очерков о духовном быте («Афон» , 1864; «Среди богомольцев» , 1871). Книга очерков «Афон» печаталась в журнале «Русское слово» , ответственным редактором которого Благовещенский стал в 1864 году.
В 1866 году журнал был запрещён, и Благовещенский (вместе с А. К. Шеллером-Михайловым) редактировал «Женский вестник» , позднее — «Неделю» .
В это время он создаёт роман «Перед рассветом» , в котором изображает жизнь разночинца-демократа.
В 1869 году Благовещенский был разбит параличом. Некоторое время после этого он продолжал литературный труд (очерки из рабочего быта в «Отечественных записках» ). Проходя лечение на кавказских минеральных водах, сблизился с графом М. Т. Лорис-Меликовым, по приглашению которого остался жить во Владикавказе. Лорис-Меликов устроил Благовещенского на должность секретаря терского статистического комитета. Последние годы жизни Благовещенский занимался описанием Терской области, составив Сборник статистических сведений по ней.
С 1880 года он редактировал газету «Терские ведомости» .