Виктор Абалтусов родился в семье машинистом станции Томск-2 Евгения Макаровича Абалтусов (1915—1997) и кладовщицы Томского электромеханического завода Зинаиды Иосифовны Абалтусовой (1919—1994); у Виктора была сестра Людмила (род. 1946) и брат Николай (род. 1950).
В период обучения в средней школы № 9 Виктор занимался в юношеской математической школе при ТГПИ; также занимался спортом: выполнил норматив I разряда в лыжных гонках. Кроме того он являлся членом комитета ВЛКСМ.
В 1965 году Виктор Абалтусов стал студентом физико-технического факультета Томского государственного университета: среди его преподавателей были Вадим Слухаев, Игорь Васенин, Владимир Вилюнов, Станислав Творогов, Эрнст Шрагер и Василий Черников. Дипломную работу, озаглавленную «Исследование процесса воспламенения конденсированных взрывов в набегающем потоке нагревающихся окислителей» , Абалтусов выполнил под руководством младшего научного сотрудника университета Геннадия Исакова. Продолжал заниматься спортом — выполнил норматив кандидата в мастера спорта в лыжных гонках и норматив I разряда по зимнему многоборью, а также — гребле; входил в сборную университета по лыжам.
В 1971 году он окончил университет по специальности «баллистика» , получив квалификацию инженера-физика.
С февраля 1972 года Виктор Абалтусов являлся младшим научным сотрудником университета, а в июне 1976 — стал старшим научным сотрудником.
В июле 1979 год он занял пост заведующего сектором в лаборатории аэротермохимии, с в январе 1983 — стал заведующим лабораторией физического моделирования процессов переноса в реагирующих средах, относившейся к отделу механики реагирующих сред НИИПММ. Проводил экспериментальные работы по изучению физико-химических процессов в высокотемпературных газовых и гетерогенных потоках; участвовал в создании тепловой защиты гиперзвуковых летательных аппаратов.
В 1979 году, под руководством Анатолия Гришина, Абалтусов защитил кандидатскую диссертацию по специальности «механика жидкости и газа» (спецтема); в 1991 году он стал доктором технических наук.
С 1 сентября 1994 года также являлся профессором (по совместительству) на кафедре физической механики; читал специальный курс и вел практикум.